Das Obsan wurde im Rahmen des Dialogs "Nationale Gesundheitspolitik" initiiert. Das Dialogprojekt entstand 1998 auf Anregung des Eidgenössischen Departements des Innern (EDI) und der Konferenz der kantonalen Gesundheitsdirektorinnen und -direktoren (GDK). Ziel des Projekts ist es, die Gesundheitspolitiken des Bundes und der Kantone besser aufeinander abzustimmen.
Das Obsan nahm im Jahr 2001 seine Arbeit auf. In der Vereinbarung vom Dezember 2003 über die "Nationale Gesundheitspolitik" erneuerten die GDK und der Bund den Auftrag an das Obsan.
